《战争机器2》的故事背景设定在一个被末日浩劫所摧毁的世界上。人类的生存环境变得越来越恶劣，为了生存，人类不得不使用大量的机器人来作为武器。
剧情主要围绕着主角JD Fenix等团队组成的COG作战小组展开。这一次，COG面临的挑战是打破地球之门以及禁锢之门。地球之门是一个神秘的武器，而禁锢之门可以使人和机器人的圈套变得更加致命。
COG的战斗分为两部分。首先是攻占地球之门，这个过程非常危险。在这个过程中，COG必须面对数不清的敌人以及机器人。同时，DAZ和Kait Diaz之间的矛盾也使得这个过程更加危险。
其次是攻占禁锢之门。这个过程同样是非常困难的。COG必须面对高科技机器人，例如锯齿兽和蹦跳机器人。即便是COG的好友Fahz Chutani也不得不面对它们的攻击。
最终，COG成功打破了地球之门和禁锢之门。这场战争结束了，但是他们的战斗还没有结束。他们将继续使世界变得更加美好。
